فیلم درخت جادویی، داستان یک خانواده امروزی است که به روستا نقل مکان می‌کنند و بچه‌ها در آنجا یک درخت جادویی با ساکنان عجیب پیدا می‌کنند، آن‌ها از طریق این درخت وارد سرزمین‌های فانتزی و خیالی می‌شوند و در جریان این ماجراجویی‌ها، پیوند خانوادگی‌شان دوباره تقویت می‌شود.