داستان ماریو و لوئیجی است که نقشه قبلی باوزر برای ازدواج با پرنسس پیچ را خنثی کرده بودند، اکنون با تهدید جدیدی از سوی باوزر جونیور روبرو هستند که مصمم است پدرش را از اسارت آزاد کند و میراث خانوادگی را احیا کند. این دو برادر در کنار همراهان جدید و قدیمی خود، به آن سوی ستارگان سفر می‌کنند تا جلوی جنگ صلیبی وارث جوان را بگیرند.