داستان فیلم در مورد یک دلقک ماهی به نام مارلین است که در مورد پسرش نیمو زیادی حساس است و او را در اقیانوس گم می کند و در پی آن با کمک ماهی به نام دوری به جستجوی نیمو می پردازد. به تدریج و پس از یافتن نیمو او متوجه می شود که نباید آنقدر مته به خشخاش بگذارد و…