داستان اتزیو در دسامبر 1499 ادامه می یابد، زیرا او از Vault خارج می شود و
با عمویش ماریو (فرد تاتاسیوره) از رم می گریزد. با بازگشت به
مونتریجیونی، اتزیو آنچه را که در داخل خرک دیده بود برای هموطنان خود
توضیح می‌دهد و با این احتمال که انتقام‌جویی شخصی‌اش به پایان رسیده است،
آرامش می‌یابد. با این حال، نیکولو ماکیاولی (شان بایچو) تصمیم اتزیو برای
زنده ماندن رودریگو بورجیا (مانوئل تادروس) را به چالش می کشد. روز بعد،
مونتریجیونی توسط ارتش پاپ به فرماندهی چزاره بورجیا (آندریاس آپرگیس)، پسر
رودریگو، محاصره شد. سزار ماریو را می کشد و ادعای اپل را برای تمپلارها
می کند. اتزیو مجروح فرار می کند و به رم، مرکز قدرت تمپلارها در ایتالیا
سفر می کند و به دنبال انتقام از بورجیاها است. در آنجا، او متوجه می شود
که Assassin Order بسیاری از نیروی انسانی و قدرت خود را از دست داده است.
اتزیو که مصمم به بازسازی انجمن است، ماکیاولی را متقاعد می کند که می
تواند آن را رهبری کند، افرادی را برای اخوان استخدام کرده و آن را به قدرت
قبلی خود باز می گرداند....